Clinvar-build API

• Schema generator
  • ClinVarSchemaGenerator
    • ClinVarSchemaGenerator.conn
    • ClinVarSchemaGenerator.cursor
    • ClinVarSchemaGenerator.create_schema()
    • ClinVarSchemaGenerator.__init__()
    • ClinVarSchemaGenerator.__repr__()
    • ClinVarSchemaGenerator.__str__()
    • ClinVarSchemaGenerator.__weakref__
    • ClinVarSchemaGenerator.create_schema()
  • main()
  • parse_arguments()
• Parser
  • ClinVarParser
    • ClinVarParser.conn
    • ClinVarParser.cursor
    • ClinVarParser.stats
    • ClinVarParser._SQL_COLS_PATTERN
    • ClinVarParser.parse_file()
  • main()
  • parse_arguments()
• General utils
  • assign_empty_default()
• Configuration tools
  • BlockConfigParser
    • BlockConfigParser.parsed_data
    • BlockConfigParser.__call__()
    • BlockConfigParser.__eq__()
    • BlockConfigParser.__init__()
    • BlockConfigParser.__repr__()
    • BlockConfigParser.__str__()
  • ManagedProperty
    • ManagedProperty.enable_setter()
    • ManagedProperty.disable_setter()
    • ManagedProperty.set_with_setter()
    • ManagedProperty.__get__()
    • ManagedProperty.__init__()
    • ManagedProperty.__set__()
    • ManagedProperty.disable_setter()
    • ManagedProperty.enable_setter()
    • ManagedProperty.set_with_setter()
  • ProgressHandler
    • ProgressHandler._last_line_count
    • ProgressHandler.emit()
    • ProgressHandler.reset()
  • check_environ()
• Parser tools
  • SQLiteParser
    • SQLiteParser.conn
    • SQLiteParser.cursor
    • SQLiteParser.stats
    • SQLiteParser.config
    • SQLiteParser.__init__()
    • SQLiteParser.__repr__()
    • SQLiteParser.__str__()
    • SQLiteParser.count_duplicates()
    • SQLiteParser.validate_database()
  • ViewXML
    • ViewXML.xml_path
    • ViewXML.tag_name
    • ViewXML.index
    • ViewXML.element
    • ViewXML.show_tree()
    • ViewXML.show_children()
    • ViewXML.find_all_paths()
    • ViewXML.count_all_tags()
    • ViewXML.__init__()
    • ViewXML.__repr__()
    • ViewXML.__str__()
    • ViewXML.count_all_tags()
    • ViewXML.find_all_paths()
    • ViewXML.show_children()
    • ViewXML.show_tree()
  • configure_logging()
  • open_xml_file()
  • trace()
  • validate_xml()